Bom dia, Inês.
Um ponto que vale considerar aqui: pela Lei 10.820/2003, art. 5º, § 1º (redação dada pela Lei nº 15.179/2025), o empregador responde como devedor principal e solidário perante a instituição consignatária pelos valores que deixarem de ser retidos ou repassados por falha ou culpa sua. Ou seja, enquanto as parcelas de maio e junho não forem regularizadas, a empresa segue exposta perante o banco, independentemente do que for ajustado no eSocial.
Sobre a correção: o desconto retroativo pode ser feito nas próximas folhas, sempre respeitando o limite de margem consignável de 40% da remuneração disponível, previsto no art. 2º, § 2º, inciso I, da mesma lei, na redação dada pela Lei nº 14.431/2022. Se a soma das parcelas atrasadas com a corrente ultrapassar esse teto, o caminho é diluir a cobrança em mais de uma folha, e alinhar com a instituição financeira o cronograma de regularização, já que o valor é devido a ela de qualquer forma.
Quanto à necessidade de reabrir o evento no eSocial, isso depende de como o desconto programado foi (ou não) transmitido originalmente. Vale confirmar esse detalhe operacional com o suporte do eSocial ou diretamente com a instituição consignatária, porque a lei trata da obrigação e do limite, não do procedimento de retificação do evento em si.